Az Intézet a HUN-REN Csillagászati és Földtudományi Kutatóközpontban, Földtani és Geokémiai Intézet néven működik. Jelenleg a laboratóriumok mint funkcionális egységek mellett a kutatócsoportok kutatási témacsoportokba rendeződve alkotják az intézet vázát. A speciális kutatási projekteken dolgozó kutatócsoportok kutatási témacsoportokba rendezésének célja az együttműködések, a közös publikálás és pályázás, a szinergia erősítése. Kutatási témacsoportok és kutatócsoportok:

• Paleoklíma és Környezetgeokémia kutatási témacsoport. A témacsoporton belül működik a Geokémia és Paleoklíma Kutatócsoport, a Paleoklíma 2ka Lendület Kutatócsoport, a Vízgeokémia munkacsoport, és a NanoCave Kutatócsoport.
• Alkalmazott Geokémia Kompetenciaközpont. A kutatási témacsoporton túl mutatóan a résztvevők kutatási tapasztalatai és kialakított infrastruktúra egy olyan kompetenciaegyüttest hozott létre, amit a felfedező kutatás mellett alkalmazott kutatási feladatokban és K+F szerződésekben is hasznosítunk. Ezt fejezi ki a kompetenciaközpont életre hívása. A kompetenciaközponton belül működik a MTA–HUN-REN CSFK PannonVulkán Lendület Kutatócsoport, az Archeometriai és Bioarcheológiai Kutatócsoport, valamint részt vesznek az anyagtudományi és környezetbiztonsági (pl. hulladékelhelyezés) kutatással foglalkozó kutatók is.