Az Intézet a HUN-REN Csillagászati és Földtudományi Kutatóközpontban, Földtani és Geokémiai Intézet néven működik. Jelenleg a laboratóriumok mint funkcionális egységek mellett a kutatócsoportok kutatási témacsoportokba rendeződve alkotják az intézet vázát. A speciális kutatási projekteken dolgozó kutatócsoportok kutatási témacsoportokba rendezésének célja az együttműködések, a közös publikálás és pályázás, a szinergia erősítése. Kutatási témacsoportok és és kutatócsoportok:

• Paleoklíma és Környezetgeokémia kutatási témacsoport. A témacsoporton belül működik a Geokémia és Paleoklíma Kutatócsoport, a Lendület 2ka Kutatócsoport, a Vízgeokémia munkacsoport, és a NanoCave Kutatócsoport.
• Alkalmazott Geokémia kutatási témacsoport. A témacsoporton belül működik az Archeometriai és Bioarcheológiai Kutatócsoport, valamint az anyagtudományi és környezetbiztonsági (pl. hulladékelhelyezés) kutatással foglalkozó kutatók.
• MTA–HUN-REN CSFK PannonVulkán Lendület Kutatócsoport